Otra alternativa para la desalación de aguas salobres y con alto contenido en sólidos en suspensión son; Los sistemas de tratamiento por electrodiálisis y de electrodiálisis reversible, usan energía eléctrica DC continua y una serie de membranas con selectividades aniónica y catiónica para separar  los iones que contiene el agua y concentrarlas en una solución para su posterior eliminación. Este fenómeno es útil para la desmineralización del agua, pero no para la eliminación de compuestos orgánicos.

Se emplea tanto para el tratamiento terciario de aguas depuradas para su reutilización, como para la desalación de aguas salobres, Y con alto contenido en sílice.